2015年10月23日,国际学术期刊 PLOS one 刊发我校生物系本科生程容海作为第一作者的最新研究成果《Virtual Pharmacist: A Platform for Pharmacogenomics》. PLOS one影响因子3.234.
一直以来,自从第二代高通量测序技术开发至今,基因组测序成本已经降低到3000美元,我们马上就要来到1000 dollar genome 的时代。然而从复杂冗余的基因序列中解读出与疾病相关,与药物相关的重要信息,已经成为当前生物信息学已经成为生物信息学中最重要的挑战。面对该挑战,程容海等人开发了一个在线的个人基因组解码平台(Virtual Pharmacist)。它可以支持分析目前主流的生物信息学数据格式,并且通过该软件后台的数据库和算法,挖掘出个人基因组中的基因突变(Single Nucleotide Polymorphism)与药物反应的关联性分析。该平台只需要用户上传SNP数据文件,或者是高通量测序文件便可以自动完成包括生物信息学分析,基因组信息解读(genomic interpretation),并最终呈现给用户一份详细的,用户友好的,关于195种药物反应的基因检测报告。
该项目最早由教改班本科生陈杳,潘艺丹参与设计,后来交给2012级本科生程容海全程负责(包括软件平台的搭建与设计,生物信息学算法开发,以及部分文章撰写)。该项目历经2年,在贺建奎副教授的指导下,来自香港中文大学教授Ross Ka-Kit Leung与Stanford University的Bruce Ling的合作下,于2015年10月23日在国际知名期刊PLOS one 发表。
(文章链接:http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0141105)